毫无疑问，航母编队具有攻防兼备、威力强大、机动性好和远程作战等优势，但是，也并非无懈可击，存在着许多弱点和不足。

一是行动难以隐蔽，惧怕饱和攻击。航母编队出动时，往往伴有其他舰艇行动，展开后遍布水面、水下和空中，纵横几十甚至上百海里，各种雷达反射体多，反射面大，红外、电磁、声波等物理场很强，很容易为敌方各种探测设备所发现，特别是随着侦察卫星的运用，使得航母编队始终处于“众目睽睽”之下，基本没有什么秘密可言。航母编队虽然有一定防空和自卫能力，但毕竟数量有限。如果敌方对其进行多方向、多批次饱和攻击，尤其像恐怖分子那样的自杀式攻击，航母编队恐难以招架。

二是恶劣天气和夜色制约其行动。尽管航母编队在12级风浪下也能航行，但其伴随舰艇和舰载机会受到恶劣天气影响而无法出动，即使能够出动的舰艇和舰载机，发射武器的准确性也会大大降低。另外，夜间航母编队的舰载机出动率，通常只有白天的一半，起降间隔也会明显增长。

三是火灾和内部爆炸是其挥之不去的隐忧。大型航母设有2000多个舱室，包括油库、弹药库等易燃易爆舱室，例如美海军“小鹰号”航母，仅弹药舱就达120个。平时稍有不慎就可能引起火灾和爆炸，战时极易遭到攻击引起火灾和爆炸。

四是依赖补给性强，在补给时容易遭受攻击。通常，一艘核动力航母只能连续作战12昼夜，而常规航母仅7昼夜就要进行补给。补给时由于补给船的加入，使航母速度降低，队形不便机动，舰载机出动也受到限制，因此容易被发现和受到攻击。

五是害怕潜艇特别是核潜艇攻击。当今各国核潜艇都携带大量潜射导弹和鱼雷，数量多达20枚以上，攻击性极强，而且隐蔽性越来越好，而航母自身防御能力不足，在有利条件下，核潜艇依靠自身携带的武器即可对航母发动饱和攻击，哪怕只有少量导弹和鱼雷攻击成功，对航母都是致命的，因此各国普遍认为核潜艇是航母的最大“克星”。